נראה לי בס"ד סידר הכונות שלהם לומר ברכה זו, כנגד ספירה זו, וכך וכך פרטים יש בה, וכן ברכה זו, כנגד ספירה זו, וכאשר סידר אותם רבינו האר"י ז"ל בספר הכונות.
ולכך באותו מעמד נתעורר רבן גמליאל ואמר לחכמים, כלום יש אדם שיודע לתקן ברכת הצדוקים, מפני שראה שבסדר הכונות של י"ח ברכות אין ברכה כנגד תיקון הכתר, והטעם מפני שאין הפגם מגיע שם, ולכך לא תקנו אנשי כנסת הגדולה כנגד זה, אך ראה רבן גמליאל שבעונותינו הרבים בזמנו נתרבו המינין, ומגיע פגם המינות עד הכתר להיותו חמור מאד, וכנזכר בדברי רבינו האר"י ז"ל בספר הכונות, ולכן ראה לפי העת ההיא צריך לתקן ברכה כנגד זה.
אך צריך שיהיה המתקן חכם גדול ובעל רוח הקודש שכוחו כמו אנשי כנסת הגדולה, שיוכל לתקן דברים מתוקנים וטובים שיהיה גנוז בהם סודות השייכים לענין זה, כדי שיעשו פרי למעלה כמו נוסח שאר ברכות של י"ח, שכולם ברוח הקודש נתקנו, ואז ירד הארי הגדול הוא החכם הנורא שמואל הקטן, ותקנה ברוח הקודש אשר הופיע עליו הקב"ה, ובאמת הוא ראוי לכך, כדאיתא בסנהדרין דף י"א, היו חכמים מסובין בעליה ביבנה, ויצאה בת קול ואמרה יש כאן אחד ראוי שתשרה עליו שכינה, נתנו עיניהם בשמואל הקטן, גם בשעת פטירתו נתנבא על הרוגי מלכות, עיין שם, ובירושלמי סוף סוטה איתא, יצאה בת קול ואמרה יש שנים ראוים לרוח הקודש ושמואל הקטן אחד מהם, עיין שם, ולכן כיון שראוי לכך נצצה בו רוח הקודש ותיקן אותה הברכה.
והא דשנה אחרת שכחה, נראה לי בס"ד בתחלה כשתיקן אותה לא קבעו בתפילת העמידה שמתפללין בכל יום, אלא קבעו אותה בעמידה שמתפללין ביומא דרחמי, והוא בתענית ציבור, ולכן לשנה אחרת שכחה שלא הורגלו בה עדיין לאומרה בקבע בכל יום בשמונה עשרה, אך אחר כך קבעו אותה בכל יום בשמונה עשרה.
ונראה לי סיבת השכחה גם כן היה מצד תגבורת הקליפה, כי זו הברכה היא נגדית להם, וידוע כי השכחה היא מצד הקליפה, בסוד ואין שכחה לפני כסא כבודך, אך הוא נתגבר על הקליפה והשקיף בה ב' וג' שעות וזכרה, ונראה לי בס"ד הוצרך ג' שעות לדחות הקליפות מן ג' עולמות בי"ע, והוא עשה כונות ויחודים במשך ג' שעות אלו, ועל ידי כן דחה השכחה והמשיך הזכירה.
ונראה לי בס"ד שמו הטוב בראשה ובסופה כי ברכה זו מסיימים בה ברוך אתה ה' שובר אויבים ומכניע מינים, הרי כאן אותיות שמו"א מן שמואל בראשי תיבות הנזכרים, ואות למ"ד של שמואל רמוז בראש הברכה.
ונראה לי בס"ד שנרמזה ברכה זו שתיקן שמואל הקטן בנבואה של בלעם, שקרא אוי בנבואתו על ברכה שעתיד שמואל הקטן לתקנה, וכמו שכתוב [במדבר כ"ד כ"ג] אוי מי יחיה משומו אל, תחבר שני תיבות יחד וקרי בה משמואל, כלומר מה שעתיד לתקן ברכה בשביל ביטול הקליפות, והוא עמהם מין במינו לכך קרא אוי.
